secara administrasi Kepulauan raja Ampat merupakan rangkaian 4 gugusan pulau yang berdekatan dan berlokasi di barat bagian Kepala Burung ( Vogelkoop ) Pulau papua. Empat gugusan pulau tersebut dinamakan menurut 4 pulau terbesarnya, yaitu Pulau Waigo, Pulau Misool, Pulau salawati dan Pulau Batanta. Kepulauan dengan kurang lebih 35 pulau berpenghuni ini sekarang menjadi 7 para pecinta laut termasuk penyelam yang tertarik akan keindahan pemandangan bawah lautnya.
Kabupaten Raja Ampat adalah : Kepulauan dimana sekitar 85% wilayah berupa perairan, dan mempunyai luas wilayah sebesar 71.605,69 km2 terdiri dari daratan sebesar 6.084,5 km2 dan lautan sebesar 65.521,19 km2. Wilayah ini terbagi menjadi 24 kecamatan / distrik ( Subdistrikct ), 117 kampung ( Viilage ) dan 4 kelurahan ( Village ). Wilayah terluas adalah Distrik Waigeo Barat sebesar 9.456,06 km2 dan Wilayah terkecil adalah Distrik Tiplol Mayalibit sebesar 298,88 km2.
Sebagai wilayah kepulauan, daerah ini memiliki 1.800 pulau besar dan kecil, atol dan taka dengan panjang garis pantai 753 km, dengan 35 pulau yang berpenghuni.
Saat ini kabupaten Raja Ampat terdiri dari 1.847 pulau-pulau kecil. Pusat pemerintahan berada di Kota waisai, Distrik Waigeo Selatan, sekitar 36 mil dari kota Sorong. Kota waisai hanya sebuah dusun yang dihuni sebanyak 20 KK. Sementara pada akhir tahun 2015, Kota Waisai merupakan daerah setingkat kecamatan yang dihuni penduduk sebanyak 1.854 KK / 8.044 jiwa.
Permukiman Transmigrasi serah di kabupaten Raja Ampat Sejak Prapelita hingga tahun 2004 adalah : UPT Salawati Unit I, Kecamatan Salawati, Desa Kalobo, Pola TU/TPLK, Tahun Penempatan 1982/1983, Tahun Penyerahan 1990, Penempatan jumlah 395 KK / 1.580 jiwa, Penyerahan 316 KK / 1.422 jiwa.
UPT Salawati Unit II, Kecamatan Salawati, Desa Waijan, Pola TU/TPLK, Tahun Penempatan 1983/1984, Penyerahan tahun 1990, Penempatan jumlah 200 KK / 800 jiwa, Penyerahan 200 KK / 900 jiwa.
Jenis Tanaman unggulan adalah : Padi lahan kering, Kasbi, ( Ubi kayu ), Ubi Jalar, talas, Jagung, serta tanaman sayur-sayuran dan Buaha-buahan.
Perkebunan adalah : Kakao, Kelapa Sawit, dan Kelapa.
Selain itu perairan Raja Ampat sangat cocok untuk lahan usaha budidaya seperti : Ikan-Ikan Karang ( Kerapu dan Napoleon ), Rumput Laut, Mutiara dan Teripang.