Penyelenggaraan transmigrasi sejak memasuki era reformasi dan diberlakukannya otonomi daerah mengalami perubahan dalam kebijakan perpindahan dan penempatan penduduk, terutama setelah terjadinya konflik di beberapa daerah. Program perpindahan dan penempatan penduduk berubahmenjadi mobilitas penduduk dengan memperhatikan aspirasi penduduk setempat.