Terbentuknya 79 ibu kota kabupaten, beberapa ibukota kecamatan serta pusat-pusat pertumbuhan baru, kondisi tersebut apabila tidak dikelola dengan baik, dapat menimbulkan kerawanan sosial ataupun kerusakan lingkungan.
Persebaran penduduk yang tidak serasi dan seimbang menyebabkan pembangunan nasional menjadi tidak merata, sehingga timbul kecenderungan, ada daerah atau wilayah yang telah berkembang menjadi semakin berkembang dan maju, sementara sebaliknya ada daerah atau wilayah yang belum berkembang semakin tertinggal.
Pokok-pokok pikiran tentang Paradigma Baru Transmigrasi tersebut adalah :
1. Mendukung ketahanan pangan dan kecukupan papan.
2. Mendukung ketahanan nasioanal.
3. Mendukung kebijakan energi alternatif.
4. Memeratakan investasi ke daerah.
5. Mendukung penanggulangan pengangguran dan kemiskinan.