Informasi Permasalahan UPT merupakan peringatan dini dalam upaya meningkatkan pelaksanaan pembangunan Transmigrasi, sehingga permasalahan yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembangnya masalah di UPT tertentu ke arah yang rawan dan lebih merugikan ( UPT Bermasalah ).
Pada periode bulan Desember 2004 terkumpul laporan 78 UPT ( 21% ) yang melapor permasalahan UPT, dan permasalahan UPT tersebut adalah :
Penyiapan Pemukiaman, Penempatan Transmigrasi, Fasilitas Pemukiman, Sarana Air Bersih, Kesehatan, Pendidikan, Usaha Tani Tanaman Pangan, dan Usaha Tani Tanaman Perkebunan.