Informasi Permasalahan UPT merupakan peringatan dini dalam upaya meningkatkan pelaksanaan pembangunan Transmigrasi, sehingga permasalahan yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit pelaksana terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembangnya masalah di UPT tertentu ke arah yang rawan dan bisa merugikan ( UPT Bermasalah ).
Pada periode bulan September 2004 terdapat 343 UPT ( 26% ) yang melapor permasalahan UPT, dan permasalahan UPT tersebut adalah :
Penyiapan Pemukiman, Penempatan Transmigrasi, Fasilitas Pemukiman, Sarana Air Bersih, Kesehatan, Pendidikan, Transportasi, Usaha Tani Tanaman Pangan dan Usaha Tani Tanaman Perkebunan.