Informasi Permasalahan UPT merupakan peringatan dini dalam upaya meningkatkan pelaksanaan pembangunan transmigrasi, sehingga permasalahan yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit pelaksana terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembangnya masalah di UPT tertentu ke arah yang rawan dan lebih merugikan ( UPT ).
Pada periode bulan Maret 2004 terdapat 69 UPT ( 16% ) yang melapor permasalahan UPT, dan permasalahan UPT tersebut adalah :
Penyiapan Pemukiman, Penempatan Transmigrasi, Fasilitas Pemukiman, Kesehatan, Pendidikan, Transportasi, Sarana Air Bersih, Usaha Tani Tanaman Pangan, dan Usaha Tani Tanaman Perkebunan.