Informasi Permasalahan UPT merupakan sistem peringatan dini dalam upaya meningkatkan pembinaan, sehingga masala-masalah yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit pelaksana terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembangnya masalah di UPT tertentu ke arah yang rawan dan lebih merugikan ( UPT Bermasalah ).
Pada periode bulan Agustus 2003 terdapat 80 UPT ( 22% ) yang melapor permasalahan UPT, permasalahn UPT tersebut adalah :
Penyiapan Pemukiman, Penempatan Transmigrasi, Sarana Air Bersih, Fasilitas Pemukiman, Kesehatan, Pendidikan, Transportasi, Usaha Tani Tanaman Pangan dan Usaha Tani Tanaman Perkebunan.