Informasi Permasalahan UPT merupakan sistem peringatan dini dalam upaya meningkatkan pelaksanaan pembinaan, sehingga masalah-masalah yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit pelaksana terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembangnya masalah di UPT ke arah yang rawan dan lebih merugikan ( UPT Bermasalah ).
Pada periode bulan Desember 2002 terdapat 100 UPT ( 28% ) yang melapor permasalahn UPT, dan permasalahan UPT tersebut adalah :
Penyiapan Pemukiman, Penempatan Transmigrasi, Fasilitas Pemukiman, Kesehatan, Pendidikan, Usaha Tani Tanaman Pangan dan Usaha Tani Tanaman Perkebunan.