Informasi Permasalahan UPT merupakan sistem peringatan dini dalam upaya meningkatkan pelaksanaan pembinaan, sehingga masalah-masalah yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit pelaksana terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembanganya masalah di UPT tertentu ke arah yang rawan dan lebih merugikan ( UPT Bermasalah ).
Pada periode bulan September 2002 terdapat 87 UPT ( 22,96% ) yang melapor permasalahn UPT, dan permasalahan UPT tersebut adalah :
Penyiapan Pemukimn, Penempatan Transmigrasi, Fasilitas Pemnukiman, Sarana Air Bersih, Kesehatan, Pendidikan, Usaha Tani Tanaman Pangan dan Usaha Tani Tanaman Perkebunan.