Informasi Permasalah UPT merupakan sistem peringatan dini dalam upaya meningkatkan pelaksanaan pembinaan, sehingga masalah-masalah yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit pelaksana terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembangnya masalah di UPT tertentu ke arah yang rawan dan lebih merugikan ( UPT Bermasalah ).
Pada periode bulan Desember 2000 terdapat 64 UPT ( 12% ) yang melapor permasalahan UPT, permasalahan tersebut meliputi :
Penyiapan Pemukiman, Penempatan Transmigrasi, Fasilitas Pemukiman, Sarana Air Bersih, Transportasi, Usaha Tani Tanaman Pangan, dan Usaha Tani Tanaman Perkebunan.