Informasi Permasalahan UPT merupakan sistem peringatan dini dalam upaya meningkatkan pelaksanaan pembinaan, sehingga masalah-masalah yang timbul di UPT dapat ditangani secara cepat dan tepat oleh unit-unit pelaksana terkait, serta diharapkan dapat mencegah berkembangnya masalah di UPT tertentu ke arah yang rawan dan lebih merugikan ( UPT Bermasalah ).
Pada periode bulan November 2000 terdapat 54 UPT ( 10% ) yang melapor permasalahan UPT, dan permasalah tersebut meliputi :
Penyiapan Pemukiman, Penempatan Transmigrasi, Fasilitas Umum, Sarana Air Bersih, Kesehatan, Pendidikan, Usaha Tani Tanaman Pangan.