Mendukung ketahanan pangan nasional merupakan salah satu kebijakan strategis transmigrasi sesuai paradigma baru yang telah ditetapkan. Menurut Dewan Pangan 2006 terdapat tiga subsistem penting yang dapat digunakan sebagai indikator ketahanan pangan nasional yakni ketersediaan pangan, distribusi, dan konsumsi. Kontribusi transmigrasi dapat dikaitkan dengan minimal salah satu dari ketiga indikaror tersebut. Transmigrasi dilaksanakan dengan pendekatan pengembangan kawasan melalui pengembangan sentra-sentra produksi berbagai komoditas pangan termasuk perikanan dan peternakan. Sebagian 30% - 70% sentra-sentra produksi pangan beras di luar Jawa berada di permukiman transmigrasi.